Doanh nghiệp mới thành lập cần thực hiện những thủ tục thuế nào ?

DOANH NGHIỆP MỚI THÀNH LẬP CẦN THỰC HIỆN NHỮNG THỦ TỤC THUẾ NÀO?

Nhận được Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp mới chỉ là bước đầu tiên.

Ngay sau khi thành lập, doanh nghiệp cần thiết lập hệ thống kế toán – thuế, đăng ký giao dịch điện tử, chuẩn bị hóa đơn, theo dõi vốn góp, chứng từ và thực hiện các nghĩa vụ kê khai thuế phát sinh.

Nếu không chuẩn bị ngay từ đầu, doanh nghiệp rất dễ rơi vào tình trạng:

Có giấy phép nhưng chưa có chữ ký số → chưa đăng ký hóa đơn → phát sinh doanh thu nhưng chưa biết xuất hóa đơn → chi phí không đủ chứng từ → vốn góp không rõ ràng → đến kỳ khai thuế mới bắt đầu tìm kế toán.

Vậy doanh nghiệp mới thành lập cần thực hiện những thủ tục thuế nào?

Dưới đây là checklist doanh nghiệp nên thực hiện ngay trong giai đoạn đầu hoạt động.

1. Kiểm tra thông tin đăng ký thuế của doanh nghiệp

Một điểm nhiều chủ doanh nghiệp mới thường nhầm là sau khi nhận Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp phải tiếp tục đi đến cơ quan thuế để “đăng ký mã số thuế”.

Đối với doanh nghiệp đăng ký theo cơ chế một cửa liên thông, việc đăng ký thuế được thực hiện cùng với đăng ký doanh nghiệp. Trường hợp cơ quan thuế nhận thông tin từ cơ quan đăng ký kinh doanh thông qua kết nối dữ liệu thì doanh nghiệp không phải thực hiện lại thủ tục đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế.

Mã số doanh nghiệp đồng thời được sử dụng trong quản lý thuế theo quy định.

Sau khi thành lập, doanh nghiệp nên kiểm tra:

- Tên doanh nghiệp;

- Mã số thuế;

- Địa chỉ trụ sở;

- Người đại diện;

- Cơ quan thuế quản lý;

- Trạng thái hoạt động;

- Thông tin liên hệ.

Nếu có sai lệch, cần xử lý sớm để tránh ảnh hưởng đến hóa đơn và hồ sơ khai thuế sau này.

2. Có còn phải làm “hồ sơ khai thuế ban đầu” không?

Đây là nội dung được rất nhiều anh/chị chủ doanh nghiệp ít quan tâm hoặc bỏ sót.

Tuy nhiên, doanh nghiệp cần phân biệt:

“Hồ sơ khai thuế ban đầu” không phải là một thủ tục đăng ký thuế độc lập mà mọi doanh nghiệp bắt buộc phải mang một bộ hồ sơ giấy đến cơ quan thuế sau khi thành lập.

Doanh nghiệp đã thực hiện đăng ký thuế thông qua cơ chế liên thông khi đăng ký doanh nghiệp.

Điều doanh nghiệp thực sự cần làm sau đó là thiết lập đầy đủ điều kiện để thực hiện nghĩa vụ thuế, gồm:

Chữ ký số → tài khoản giao dịch thuế điện tử → hóa đơn điện tử → kế toán → xác định kỳ khai thuế → tổ chức lưu trữ hóa đơn, chứng từ.

Do đó, khi một đơn vị tư vấn nói “làm hồ sơ thuế ban đầu”, doanh nghiệp nên hiểu đây thường là một gói các công việc thiết lập hệ thống thuế – kế toán ban đầu, chứ không đơn thuần là một tờ khai duy nhất.

3. Đăng ký chữ ký số

Chữ ký số là công cụ gần như không thể thiếu trong quá trình doanh nghiệp thực hiện các giao dịch điện tử.

Doanh nghiệp sử dụng chữ ký số để thực hiện các công việc như:

- Nộp hồ sơ khai thuế;

- Ký hóa đơn điện tử;

- Nộp thuế điện tử;

- Giao dịch BHXH điện tử;

- Hải quan điện tử nếu phát sinh;

- Ký một số hồ sơ, chứng từ điện tử.

Ngay sau khi thành lập, doanh nghiệp nên trang bị chữ ký số và phân quyền người quản lý phù hợp.

Một lưu ý quan trọng là không nên để USB Token, mật khẩu hoặc tài khoản chữ ký số được sử dụng tùy tiện bởi nhiều người.

Chữ ký số của doanh nghiệp về bản chất là công cụ thực hiện giao dịch có giá trị pháp lý, nên cần có quy trình kiểm soát tương tự con dấu và tài khoản ngân hàng.

4. Đăng ký tài khoản giao dịch thuế điện tử

Doanh nghiệp nên thiết lập tài khoản giao dịch điện tử với cơ quan thuế để thực hiện:

Kê khai → nộp hồ sơ → nhận thông báo → tra cứu nghĩa vụ → nộp thuế.

Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 đã tăng mạnh việc quản lý thuế dựa trên dữ liệu và giao dịch điện tử; người nộp thuế có nghĩa vụ khai đầy đủ, nộp hồ sơ đúng hạn và thực hiện các yêu cầu kết nối, giao dịch điện tử theo quy định.

Doanh nghiệp nên phân quyền rõ:

- Ai lập tờ khai?

- Ai kiểm tra?

- Ai ký?

- Ai thực hiện nộp thuế?

- Ai theo dõi thông báo của cơ quan thuế?

Không nên giao toàn bộ quyền quản trị hệ thống thuế cho một cá nhân mà doanh nghiệp không có cơ chế kiểm soát.

5. Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Đây là một trong những công việc quan trọng nhất.

Theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP, trước khi sử dụng hóa đơn điện tử, tổ chức kinh tế phải thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định. Khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán về nguyên tắc phải lập hóa đơn điện tử cho người mua, trừ các trường hợp pháp luật quy định không phải sử dụng.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị:

Nhà cung cấp hóa đơn → mẫu hóa đơn → chữ ký số → đăng ký sử dụng → quy trình lập hóa đơn → người được phân quyền xuất hóa đơn.

Đặc biệt cần xác định đúng thời điểm lập hóa đơn.

Không nên để nhân viên kinh doanh tự quyết định:

“Khách chuyển tiền rồi mới xuất hóa đơn.”

hoặc:

“Cuối tháng gom lại xuất một lần.”

Thời điểm lập hóa đơn phải thực hiện đúng theo bản chất giao dịch và quy định pháp luật.

6. Thiết lập hệ thống kế toán ngay từ ngày đầu

Doanh nghiệp mới chưa có doanh thu không có nghĩa là chưa cần kế toán.

Ngay khi thành lập đã có thể phát sinh:

- Vốn góp;

- Chi phí thành lập;

- Tiền thuê văn phòng;

- Tiền đặt cọc;

- Mua máy tính;

- Phần mềm;

- Tiền lương;

- Phí ngân hàng;

- Chi phí marketing;

- Hóa đơn đầu vào;

- Công nợ.

Nếu những giao dịch này không được tổ chức ngay từ đầu, vài tháng sau kế toán rất khó xác định:

Tiền này của công ty hay của chủ sở hữu?

Khoản này là góp vốn hay cho công ty vay?

Chi phí này có hóa đơn hay không?

Ai đã thanh toán?

Thanh toán bằng tài khoản cá nhân hay tài khoản công ty?

Do đó, doanh nghiệp nên thiết lập:

Hệ thống tài khoản → sổ kế toán → mã khách hàng → nhà cung cấp → ngân hàng → công nợ → tài sản → kho → lưu trữ chứng từ.

7. Theo dõi và hạch toán vốn góp

Một nội dung rất quan trọng nhưng doanh nghiệp mới thường bỏ qua là vốn điều lệ.

Vốn trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp không chỉ là một con số dùng để “làm hồ sơ”.

Doanh nghiệp cần theo dõi:

Ai cam kết góp vốn → góp bao nhiêu → góp bằng gì → ngày nào → chứng từ gì → đã góp đủ hay chưa.

Đặc biệt với doanh nghiệp có từ hai thành viên hoặc nhiều cổ đông, chứng từ góp vốn cần rõ ràng để tránh tranh chấp về sau.

Không nên thực hiện theo cách:

Chủ doanh nghiệp chuyển tiền qua lại giữa tài khoản cá nhân và công ty nhưng kế toán không xác định được đây là góp vốn – cho vay – tạm ứng – hoàn ứng hay thanh toán.

Ngay từ đầu phải phân loại đúng bản chất.

8. Xác định phương pháp và kỳ kê khai thuế GTGT

Thuế GTGT là nghĩa vụ kê khai thường xuyên của phần lớn doanh nghiệp có hoạt động chịu thuế.

Đối với doanh nghiệp mới thành lập, trong năm dương lịch đầu tiên doanh nghiệp được lựa chọn thực hiện khai thuế GTGT theo quý; sau đó kỳ khai thuế được xác định theo điều kiện doanh thu và quy định quản lý thuế tương ứng.

Theo quy định hiện hành từ 01/07/2026:

- Thuế khai theo tháng: hạn nộp hồ sơ chậm nhất ngày 20 của tháng tiếp theo;

- Thuế khai theo quý: hạn chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo.

Ví dụ:

Quý III/2026 gồm tháng 7, 8, 9 → hạn khai theo nguyên tắc chung là ngày cuối cùng của tháng 10/2026.

Doanh nghiệp cần theo dõi lịch khai thuế ngay từ kỳ đầu tiên thay vì chờ cơ quan thuế nhắc.

9. Thuế thu nhập cá nhân nếu doanh nghiệp có trả lương

Khi bắt đầu tuyển nhân viên và chi trả thu nhập, doanh nghiệp phải xem xét nghĩa vụ về:

Mã số thuế cá nhân → người phụ thuộc → khấu trừ thuế → kê khai → chứng từ khấu trừ → quyết toán cuối năm.

Không phải cứ trả lương là chắc chắn người lao động phải nộp thuế TNCN; nhưng doanh nghiệp phải xác định đúng nghĩa vụ khấu trừ theo từng trường hợp.

Từ 01/07/2026, quy định quản lý thuế mới tiếp tục yêu cầu các tổ chức có nghĩa vụ khấu trừ phải thực hiện khai và nộp thay số thuế đã khấu trừ theo quy định.

Nếu thuế TNCN thuộc kỳ khai tháng hoặc quý thì thời hạn hồ sơ áp dụng theo nguyên tắc:

Tháng → ngày 20 tháng tiếp theo.

Quý → ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo.

10. Thuế thu nhập doanh nghiệp có phải kê khai hàng quý không?

Doanh nghiệp cần phân biệt:

Thuế TNDN tạm nộp và quyết toán thuế TNDN cuối năm.

Trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp căn cứ kết quả kinh doanh và quy định thuế để xác định số thuế TNDN cần tạm nộp theo kỳ.

Cuối năm, doanh nghiệp thực hiện quyết toán thuế TNDN, xác định chính thức:

Doanh thu chịu thuế – chi phí được trừ – thu nhập chịu thuế – ưu đãi – số thuế phải nộp – số đã tạm nộp.

Đặc biệt, chính sách năm 2026 có thay đổi đáng chú ý đối với doanh nghiệp quy mô nhỏ. Nghị định 141/2026/NĐ-CP quy định trường hợp doanh nghiệp mới thành lập trong kỳ tính thuế và dự kiến tổng doanh thu trong kỳ không quá 01 tỷ đồng thì không phải tạm nộp thuế TNDN; cuối kỳ nếu doanh thu thực tế vượt mức này thì thực hiện kê khai, quyết toán theo quy định.

Do đó, doanh nghiệp mới cần được rà soát theo doanh thu và trường hợp cụ thể, không nên áp dụng máy móc checklist thuế của các năm trước.

11. Công ty mới thành lập năm 2026 có phải nộp lệ phí môn bài không?

Không.

Đây là điểm thay đổi rất quan trọng.

Theo Nghị quyết 198/2025/QH15:

Chấm dứt việc thu, nộp lệ phí môn bài từ ngày 01/01/2026.

Do đó, doanh nghiệp thành lập trong năm 2026 không còn phải nộp lệ phí môn bài như hướng dẫn cũ.

Các bài viết trên Internet vẫn hướng dẫn doanh nghiệp mới thành lập phải:

nộp tờ khai lệ phí môn bài + nộp 2 triệu hoặc 3 triệu đồng/năm

cần được kiểm tra lại vì quy định này đã thay đổi từ 01/01/2026.

12. Doanh nghiệp chưa phát sinh doanh thu có cần quan tâm đến khai thuế không?

Có.

Một sai lầm phổ biến là:

“Công ty chưa xuất hóa đơn nên không cần làm gì về thuế.”

Không nên hiểu như vậy.

Việc có phải nộp một tờ khai cụ thể hay không phải căn cứ loại thuế, kỳ khai và trường hợp được miễn nộp hồ sơ theo quy định.

Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định cụ thể một số trường hợp người nộp thuế không phải nộp hồ sơ khai thuế. Vì vậy, cần xem xét từng trường hợp thay vì mặc định rằng “không phát sinh doanh thu = không phải khai bất cứ gì”.

Doanh nghiệp vẫn cần:

Hạch toán chi phí → lưu hóa đơn đầu vào → theo dõi ngân hàng → theo dõi vốn góp → duy trì sổ kế toán → kiểm tra nghĩa vụ khai thuế.

13. Quyết toán thuế cuối năm

Khi kết thúc năm tài chính, doanh nghiệp thường phải thực hiện các công việc quan trọng như:

- Khóa sổ kế toán;

- Kiểm kê;

- Đối chiếu công nợ;

- Xác nhận số dư ngân hàng;

- Rà soát doanh thu;

- Rà soát chi phí;

- Tính thuế TNDN;

- Quyết toán thuế TNDN;

- Quyết toán thuế TNCN nếu thuộc trường hợp phải quyết toán;

- Lập báo cáo tài chính.

Theo Nghị định 252/2026/NĐ-CP, hồ sơ thuộc loại quyết toán thuế về nguyên tắc có hạn chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 03 kể từ ngày kết thúc kỳ quyết toán thuế.

Ví dụ doanh nghiệp áp dụng năm tài chính trùng năm dương lịch thì cần đặc biệt lưu ý nhóm nghĩa vụ quyết toán vào quý I của năm tiếp theo.

14. Những chứng từ doanh nghiệp mới cần quản lý ngay

Ngay từ tháng đầu tiên, doanh nghiệp nên thiết lập nguyên tắc:

Không chi tiền trước – tìm chứng từ sau.

Các chứng từ cần quản lý gồm:

Nhóm	Hồ sơ nên lưu
Doanh thu	Hợp đồng, đơn hàng, biên bản, hóa đơn
Mua hàng	Hợp đồng, PO, hóa đơn, nhập kho
Chi phí	Đề nghị, phê duyệt, hóa đơn, thanh toán
Ngân hàng	Sao kê, UNC, giấy báo Có/Nợ
Tiền lương	HĐLĐ, bảng lương, chấm công
Tài sản	Hợp đồng, hóa đơn, nghiệm thu
Công nợ	Đối chiếu khách hàng, nhà cung cấp
Vốn góp	Chứng từ góp vốn
Thuế	Tờ khai, thông báo, chứng từ nộp thuế

Một hóa đơn hợp pháp chưa chắc đã đủ để một khoản chi phí được chấp nhận nếu doanh nghiệp thiếu hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế.

15. Không nên dùng tài khoản cá nhân thay tài khoản công ty

Đây là lỗi rất phổ biến ở doanh nghiệp mới.

Ví dụ:

Khách hàng chuyển tiền vào tài khoản Giám đốc.

Giám đốc dùng tài khoản cá nhân thanh toán nhà cung cấp.

Nhân viên thu tiền rồi giữ lại để chi.

Sau vài tháng, kế toán phải mất rất nhiều thời gian để xác định:

Đâu là doanh thu – đâu là tiền cá nhân – đâu là khoản vay – đâu là tạm ứng.

Doanh nghiệp nên xây dựng nguyên tắc ngay từ đầu:

Giao dịch của doanh nghiệp → ưu tiên thực hiện qua tài khoản của doanh nghiệp.

Tài khoản cá nhân chỉ nên sử dụng trong những trường hợp phù hợp và phải có hồ sơ giải trình rõ ràng.

16. Checklist thuế cho doanh nghiệp mới thành lập

Doanh nghiệp có thể sử dụng bảng sau để tự kiểm tra:

STT	Công việc	Mức độ
1	Kiểm tra mã số thuế và cơ quan quản lý	Cần làm ngay
2	Mua/đăng ký chữ ký số	Cần làm sớm
3	Thiết lập giao dịch thuế điện tử	Cần làm sớm
4	Mở và tổ chức sử dụng tài khoản ngân hàng	Cần làm sớm
5	Đăng ký hóa đơn điện tử	Trước khi sử dụng hóa đơn
6	Thiết lập hệ thống kế toán	Ngay từ khi hoạt động
7	Theo dõi vốn góp	Ngay từ đầu
8	Xác định kỳ khai thuế GTGT	Kỳ khai đầu tiên
9	Kê khai TNCN	Khi phát sinh nghĩa vụ
10	Theo dõi thuế TNDN tạm nộp	Theo kết quả kinh doanh
11	Lưu hóa đơn – chứng từ	Thường xuyên
12	Quyết toán thuế cuối năm	Theo kỳ
13	Lập báo cáo tài chính	Cuối năm tài chính
14	Kiểm tra giấy phép chuyên ngành	Theo ngành nghề

Lưu ý: Từ 01/01/2026 không còn thủ tục nộp lệ phí môn bài theo chính sách hiện hành.

17. Những lỗi thuế doanh nghiệp mới thường gặp

Không thuê kế toán vì chưa có doanh thu

Đến cuối năm mới gom chứng từ để làm sổ.

Xuất hóa đơn sai thời điểm

Do chưa hiểu thời điểm lập hóa đơn.

Chi phí lấy hóa đơn nhưng không có hồ sơ

Có hóa đơn nhưng thiếu hợp đồng, biên bản, chứng từ thanh toán hoặc căn cứ kinh doanh.

Dùng tài khoản cá nhân quá nhiều

Dẫn đến dòng tiền doanh nghiệp không rõ ràng.

Không theo dõi vốn góp

Sau vài năm mới phát hiện vốn điều lệ trên giấy khác hoàn toàn với số vốn thực tế.

Không theo dõi thông báo điện tử của cơ quan thuế

Có thông báo nhưng doanh nghiệp không biết vì tài khoản được giao hoàn toàn cho người khác.

Kê khai chậm vì nghĩ “không phát sinh thuế thì không bị phạt”

Khai thuế và nộp tiền thuế là hai nghĩa vụ khác nhau.

Doanh nghiệp có thể không có thuế phải nộp nhưng vẫn có thể phát sinh nghĩa vụ khai hồ sơ tùy trường hợp.

18. Thời hạn khai thuế doanh nghiệp cần nhớ

Theo quy định hiện hành từ 01/07/2026:

Loại hồ sơ	Hạn chung
Khai theo tháng	Ngày 20 tháng tiếp theo
Khai theo quý	Ngày cuối cùng tháng đầu quý tiếp theo
Khai theo năm	Ngày cuối cùng tháng đầu năm tài chính tiếp theo
Quyết toán thuế	Ngày cuối cùng tháng thứ 3 sau kỳ quyết toán
Cá nhân tự quyết toán TNCN	Ngày cuối cùng tháng thứ 4 sau năm

Doanh nghiệp nên thiết lập Tax Calendar – lịch thuế ngay từ khi thành lập để tránh bỏ sót thời hạn.

19. Căn cứ pháp lý cập nhật năm 2026

Các quy định quan trọng doanh nghiệp cần lưu ý hiện nay gồm:

Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, có hiệu lực từ ngày 01/07/2026.

Nghị định 252/2026/NĐ-CP ngày 30/06/2026 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế, có hiệu lực từ 01/07/2026. Nghị định này thay thế nhiều quy định quản lý thuế trước đó, trong đó có Nghị định 126/2020/NĐ-CP và Nghị định 91/2022/NĐ-CP.

Nghị định 254/2026/NĐ-CP ngày 30/06/2026 về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử, có hiệu lực từ 01/07/2026.

Nghị quyết 198/2025/QH15, trong đó quy định chấm dứt thu, nộp lệ phí môn bài kể từ 01/01/2026.

Do chính sách thuế thay đổi thường xuyên, doanh nghiệp cần kiểm tra quy định tại thời điểm phát sinh giao dịch thay vì chỉ dựa vào checklist cũ.

20. Tâm Anh – Đồng hành kế toán, thuế ngay từ ngày đầu thành lập

Một doanh nghiệp mới không nên chờ đến khi có doanh thu lớn mới bắt đầu quan tâm đến kế toán và thuế.

Giai đoạn đầu chính là thời điểm dễ thiết lập hệ thống đúng nhất và chi phí thấp nhất.

Tâm Anh hỗ trợ doanh nghiệp:

Thành lập doanh nghiệp → tư vấn thuế ban đầu → chữ ký số → hóa đơn điện tử → thiết lập kế toán → kê khai thuế → tiền lương – TNCN → báo cáo tài chính → quyết toán thuế → tư vấn tài chính và vận hành.

Mục tiêu của Tâm Anh không chỉ là “nộp tờ khai đúng hạn” mà hướng tới giúp doanh nghiệp:

Chứng từ đúng từ đầu – số liệu rõ ràng – thuế an toàn – báo cáo kịp thời – chủ doanh nghiệp hiểu được tình hình tài chính của chính công ty mình.

Bạn vừa thành lập doanh nghiệp nhưng chưa biết phải bắt đầu kế toán – thuế từ đâu? Liên hệ Tâm Anh để được rà soát và thiết lập checklist thuế phù hợp ngay từ tháng đầu hoạt động.

CÂU HỎI THƯỜNG GẶP

Công ty mới thành lập chưa có doanh thu có cần kế toán không?

Có. Doanh nghiệp vẫn có thể phát sinh vốn góp, chi phí, ngân hàng, tài sản và nghĩa vụ kê khai. Kế toán nên được thiết lập ngay từ đầu.

Công ty thành lập năm 2026 có đóng lệ phí môn bài không?

Không. Việc thu và nộp lệ phí môn bài đã chấm dứt từ 01/01/2026.

Công ty mới thành lập khai thuế GTGT tháng hay quý?

Trong năm dương lịch đầu tiên, doanh nghiệp mới thành lập có thể lựa chọn khai GTGT theo quý theo điều kiện áp dụng; các năm sau cần xác định lại kỳ khai dựa trên quy định và doanh thu.

Chưa xuất hóa đơn có phải khai thuế không?

Không nên mặc định “không xuất hóa đơn = không phải khai thuế”. Cần xem xét từng loại thuế và trường hợp không phải nộp hồ sơ theo quy định.

Bao giờ phải đăng ký hóa đơn điện tử?

Doanh nghiệp cần đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trước khi sử dụng hóa đơn.

Thuế TNDN có phải nộp ngay khi thành lập không?

Không phải cứ thành lập công ty là phát sinh ngay số thuế TNDN phải nộp. Thuế phụ thuộc vào kết quả hoạt động, thu nhập chịu thuế và các chính sách miễn, ưu đãi áp dụng. Năm 2026 còn có chính sách riêng cho một số doanh nghiệp có doanh thu nhỏ.